La sección de laboratorios en coordinación con el Instituto de Investigaciones, apoya el trabajo investigativo mediante el soporte a los diferentes grupos y proyectos, con el suministro de equipos, insumos, instalaciones e infraestructura, que les permitan fortalecer sus líneas de investigación y a su vez los programas de pregrado y posgrado.

En la actualidad la Sección de Laboratorios de UNIAGRARIA cuenta con 7 Laboratorios de investigación en sus tres sedes, donde se llevan a cabo proyectos en el área de la Medicina Veterinaria, Zootecnia, Ingeniería y las especializaciones SIG, SIHGA.

Algunos de los Laboratorios han sido conformados a partir de convenios interinstitucionales, como es el caso de los laboratorios de fitoquímica, instrumentación analítica, Investigación y desarrollo metrológico. Además, se han ejecutado importantes proyectos como es el caso del denominado COSMO-AROMATIS, MEN DE AGRICULTURA, MEN, FESTO, de gran impacto social para nuestras regiones y el país.