El Sistema Integral de Calidad de UNIAGRARIA fomenta el compromiso con la excelencia, promueve la cultura de la calidad y el mejoramiento continuo, para garantizar el cumplimiento de los postulados misionales y de las funciones sustantivas de la Institución, en concordancia con su proyecto educativo; por medio de actividades planeadas, programadas y documentadas que integran los procesos estratégicos de docencia, investigación, extensión y relación con el medio, con los de apoyo académico, administrativo, financiero, evaluación y mejoramiento continuo.
UNIAGRARIA concibe la autoevaluación como el proceso permanente de verificación, diagnóstico, exploración, análisis, retroalimentación y conceptualización que realiza la Institución a nivel interno en cada una de las unidades académicas y administrativas, con el fin de identificar sus fortalezas y debilidades, sus oportunidades y amenazas, en busca del mejoramiento continuo que garantice altos niveles de calidad en la prestación de sus servicios.